事業所について、いろいろなケースが考えられ、わかりにくいかもしれませんが、
法務省入国管理局のホームページには、事例が載っています。

肝心なのは、契約関係をはっきりさせることです。

例えば、取引先の日本企業の一室を事業所として借りる場合は、その際の、使用料、電気・ガス・水道等の共有費用等の支払いを明確に契約書にして、とりかわす
必要があります。
また、看板をとりつけて、外部の人に独立した会社だと容易にわからせるように
します。
これは、自宅を事務所にする場合もあてはまります。これが、明確でないと、せっかく認定証明を申請しても、不許可になる可能性が高くなるいえるでしょう。